故事从创骑夺走了艾克赛德的力量后说。曾与葛城巧公事的科学家最上魁星为了完成自己的研究不惜启动了名为恩尼格玛的机器欲将创骑与艾克赛德所处的两个平行世界合并。两个世界冲突相撞仅仅剩下24小时。在这关键时刻玩家驱动器却因世界合并而无法使用。面对前所未有的危机传说骑士们纷纷采取了行动。桐生战兔顺利地捕捉到了最上的行踪顺藤摸瓜地找到了创骑世界中的恩尼格玛。宝生永梦也在火野映司如月弦太郎天空寺尊等人的帮助下抵达了艾克赛德世界中的恩尼格玛。为了阻止两个世界的毁灭众人需要恢复艾克赛德的力量为此战兔竟决定主动开启恩尼格玛连接两个世界。即使最上与魁星如愿实现了合体却仍不敌战兔与永梦为他精心设计的秘技”。在两人与众位传说骑士的努力下成功挫败了最上魁星的计划。世界合并的危机就此被解决而假面骑士创骑的故事还仍未结束。
