击败终极歼灭者后海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石却不慎引起能量爆。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙引起空间缝隙能量失衡导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错引发空间混乱海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边浩肯星一方也派出精锐部队来到地球旨在抢夺基因石碎片能量消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务面对来自浩肯星新的敌人和威胁海澄和变形联盟成员毫不退缩全力以赴。他们凭着过人的机智同伴间的信赖以及面对强敌的勇敢无惧粉碎了敌人的一系列行动计划击倒了强大的对手最终守护了时空的平衡与地球的和平。