《酷酷小吉正传之钩钩岛》第五部延续了上一部的故事，继续讲述正义、理智的化身小吉和他朋友们与大反派朵猫猫斗智斗勇的故事，心怀正义、爱思考、爱探索的四年级小学生酷酷小吉与虚荣自负的发明家朵猫猫为了得到“最聪明的人”这一称号展开竞。酷酷小吉选择去探索每一个未知问题的答案，在一系列的探索过程中，酷酷小吉发现一些惊天动地的谎言、阴谋、真理。而在另一方面，虚荣自负的朵猫猫为了达到目的，不惜一切手段，选择用自己的现代发明去改造世界。但是朵猫猫每次却都会给其他岛民带来危害。而酷酷小吉总是用他的理智和正义，冷静分析出事情的前因后果，想出办法一次次地打败朵猫猫，惩恶扬善。
